Annotationen sind laut eine besondere Art von Hypertextverbindungen, die auf kurze zusätzliche Informationen verweisen. Liest man eine Annotation, so ist dies im allgemeinen ein Exkurs aus dem restlichen Lesefluß, zu dem der Leser sofort wieder zurückkehrt. Den interessantesten Gebrauch der Annotationen macht der Leser. Viele Hypertextsysteme erlauben es dem Leser, neue Verbindungen zu den ursprünglichen Materialien hinzuzufügen. Annotationen können benutzt werden, um den Informationsraum den persönlichen Bedürfnissen anzupassen.
,,Anmerken`` ist nach ,,...das Aufzeichnen von Meinungen, Ansichten, Ideen, Einfällen usw., die während des Betrachtens eines Dokuments dynamisch erzeugt werden.``
Oft ist es sowohl für den Autor als auch für den Leser einer Annotation hilfreich, wenn man ihnen eine Liste von möglichen Annotationsformen an die Hand gibt, anhand derer sie unterscheiden könnnen, um welche Art von Kommentar es sich handelt. In werden u.a. folgende Vorschläge zur Unterscheidung gemacht: Bestätigung, Erklärung, Widerlegung, Zustimmung, Veranschaulichung, Deutung.
Wenn der Leser eines Dokuments auf eine bestimmte Stelle annotierend eingehen möchte, so sollte das System ihn und auch nachfolgende Leser dahingehend unterstützen, daß eine genügend feine Granularität zur Verfügung gestellt wird, um die Annotation auch an genau der Stelle im Dokument erscheinen zu lassen, auf die sie sich bezieht. Einige Systeme (z.B. HyperNews oder Mosaic) plazieren die Kommentare an das Ende des Dokuments. Dies ist aus unserer Sicht nicht tragbar, da sich die wenigsten Annotationen auf das gesamte Dokument beziehen und sie daher aus dem Zusammenhang gerissen werden und so leicht missverstanden werden können.
Zu einer Annotation gehört aber nicht nur die Annotation selbst (sei dies nun Text, eine Grafik, ein Audio oder Video), sondern auch Informationen über sie. Das sind z.B. Daten über den Autor der Annotation (Name, E-Mail-Adresse), das Erstellungsdatum und die Reichweite der Annotation (ob es sich um eine private, gruppeninterne oder öffentliche handelt).